Отдел редких книг с 1977 года функционирует как самостоятельное структурное подразделение библиотеки. Общий объем фондов насчитывает около 30 тыс. единиц хранения. Ядром фонда является вторая домашняя библиотека Красноярского библиофила Г. В. Юдина, собранная им в период 1907–1912 гг. и насчитывающая свыше 10 тыс. единиц хранения. В отделе хранятся издания из библиотек дореволюционных учреждений, из многих частных собраний. В 1935 году эти книжные запасы были переданы Красноярским краеведческим музеем в только что созданную краевую библиотеку.

Современные издания отдела представлены лучшими образцами книжной продукции, среди которых репринтные, факсимильные, миниатюрные, сувенирные и роскошные издания.

С 2010 года Отдел редких книг также выполняет функции Регионального центра по работе с книжными памятниками: ведет выявление и изучение ценности фондов книжных памятников в различных учреждениях Красноярского края, осуществляет их библиографический учет и подготовку к государственной регистрации. Оказывает методическую помощь фондодержателям редких книг Красноярского края по работе с книжными памятниками.

• Комплектование и хранение фонда отдела
• Организация тематических и видовых коллекций книг, периодических изданий, рукописей, листового материала и др.
• Научное описание и создание машиночитаемых записей на издания фонда отдела для электронного каталога библиотеки
• Ведение карточного справочного аппарата на фонд отдела
• Выдача документов для работы в режиме читального зала
• Справочно-библиографическое и информационное обслуживание читателей
• Популяризация знаний о книжных памятниках отдела путем выставочной и экскурсионной работы, а также через средства массовой информации
• Обеспечение наилучших условий сохранности фонда книжных памятников
• Подготовка и издание каталогов отдельных коллекций
• Научно-исследовательская работа по всем направлениям работы с книжными памятниками.
• Методическая помощь учреждениям – фондодержателям редких книг Красноярского края по проблемам книжных памятников

• Рукописные книги
• Книги кирилловской печати
• Книги гражданской печати XVIII в.
• Отечественные книги 1801–1830 гг.
• Отечественные книги 1831–1900 гг.
• Периодические издания XIX – нач. XX вв.
• Юдинское собрание
• Русская нелегальная и запрещенная печать XIX в.
• Издания марксистской и революционной печати
• Издания первой русской революции 1905-1907 гг.
• Издания 1901-1917 гг.
• Издания первых десятилетий советской власти
• Запрещенные издания советских лет (спецхран)
• Издания периода Великой Отечественной войны
• Редкие и ценные краеведческие издания
• Листовки
• Современные издания, являющиеся лучшими образцами художественного оформления и полиграфического исполнения
• Миниатюрные издания
• Редкие и ценные издания на иностранных языках
• Фонд по книговедению

• Юдинские чтения (1- , 1990- , Красноярск) : материалы научно-практической конференции / Гос. универс. науч. б-ка Краснояр. края. – Красноярск, 1990- . На 1.01.2017 г. издано 8 сборников.
• Юдинское собрание Красноярской краевой научной библиотеки : каталог / сост. А. Б. Шиндина. – Красноярск, 1991- . – Вып. 1- . На 1.01.2017 г. издано 16 отраслевых выпусков каталога.
• Рукописные памятники древнерусского певческого искусства в книгохранилищах г. Красноярска : описание источников / Краснояр. гос. ин-т искусств, Краснояр. гос. краев. универс. науч. б-ка им. В. И. Ленина; авт.-сост. И. В. Ефимова. – Красноярск, 1991-2004. – Вып. 1-2.
• Книги кирилловской печати XVII века в фондах Красноярской краевой научной библиотеки им. В.И. Ленина : описание коллекции / сост. А. Б. Шиндина. – Новосибирск : ГПНТБ СО АН СССР, 1992. – 143 с.
• Книги кирилловской печати XVIII века в фондах Красноярской краевой научной библиотеки им. В.И. Ленина : описание коллекции / сост. А. Б. Шиндина. – Красноярск : КГКУНБ им. В. И. Ленина, 1988. – 241 с.
• Издания гражданской печати XVIII века в фондах государственной универсальной научной библиотеки красноярского края : каталог коллекции / Гос. универс. науч. б-ка Краснояр. края ; [сост. И. А. Шереметова, А. Б. Шиндина, Т. С. Панова ; ред. и авт. вступ. Ст. А. Б. Шиндина]. – Красноярск : ГУНБ Краснояр. края, 2010. – 204 с., [16] с. ил.
• Прижизненные издания произведений В. И. Ленина в фондах Красноярской краевой научной библиотеки им. В. И. Ленина : каталог / сост. А. Б. Шиндина. – Красноярск : КГКУНБ им. В. И. Ленина, 1989. – 76, [9] с. ил.
• "В начале было Слово" : каталог книжной выставки, посвященной Дню славянской письменности и культуры / М-во культуры Краснояр. края, Гос. универс. науч. б-ка Краснояр. края ; [сост. И. А. Шереметова ; науч. ред. А. Б. Шиндина ; отв. за вып. Т. Л. Савельева]. - Красноярск : ГУНБ, 2011. - 12 с. Справочный аппарат:
• Электронный каталог книг и периодических изданий
• Карточный алфавитный каталог книг фонда отдела
• Карточная картотека периодических изданий фонда отдела
• Карточные картотеки коллекций отдела
• Карточные картотеки художников-иллюстраторов, автографов, экслибрисов и владельческих надписей печатников, издателей, типографий
• Электронный ресурс «Певческие рукописи Красноярска»
• Электронный ресурс «Книжные памятники Красноярского края»

• Фотографирование документов из фонда отдела редких книг с использованием технических средств пользователя (не более 10% от общего объема)
• Экскурсии в отдел редких книг
• Экспертиза редких книг